单细胞组学

书接上期（单细胞组学 | 第19期. 单细胞数据分析的核心环节，必学！），草莓视频在线观看APP完成了细胞注释，并且绘制出了一幅经典的UMAP图（图1）。下面将循序渐进地介绍几种美化方案，希望给大家一些美化自己的UMAP图的灵感。

图1

美化方案1: 为每一群细胞添加椭圆边界

在2017年Cell的一篇文章中，画出了包含椭圆置信区间的患者细胞分群t-SNE图，如图2所示。

图2

下面草莓视频在线观看APP一起基于图1，一步步美化。绘制UMAP及之前的代码和上期相同。

1）使用ggplot2 R包重新绘制UMAP图并获取每个细胞的坐标

df1=Hu_AO_db_QC2@reductions$umap@cell.embeddings %>%  as.data.frame() %>%  cbind(cluster=Hu_AO_db_QC2@meta.data$seurat_clusters)

plot1=ggplot(df1, aes(umap_1, umap_2, color=Hu_AO_db_QC2@meta.data$Major_celltype))+  geom_point(size = 0.01,alpha = 0.1) +  # 设置点的大小为1  geom_point()+  theme_classic()+labs(title=1)

图3 细胞位置信息

图4 

2）为每群细胞加上椭圆边界plot2=plot1 + stat_ellipse(aes(x = umap_1, y = umap_2, fill = Hu_AO_db_QC2@meta.data$Major_celltype), geom = "polygon",                  linetype=2, # 椭圆线                  alpha = 0.25,  #椭圆背景填充色不透明度                  linewidth = 0.5,  # 设置椭圆置信区间的边界线宽度                  show.legend = FALSE, #去掉椭圆对应的图例                  level = 0.95)+labs(title=2) #level置信区间

图5 

3）重新给每群细胞指定颜色colors2